甲某系一家私营企业的业主。为提高生产效率，欲购进一台价值5万元的机器，但一时资金周转不开，于是甲某向乙某借款2万元，并提出以自己价值3万元的玉雕船作担保。2002年9月30日，甲某与乙某签订了质押借款协议书，并明确约定，借款期限为6个月，甲某以此玉雕船作质押担保，此玉雕船由甲某保管，并约定不按期还款，乙某可将此玉雕按市场价变卖折抵借款。当日，乙某即给了甲某2万元的借款。在经营过程中，甲某又因需购进一批货物仍需借款，于是向丙某借款3万元。丙某一再要求甲某提供担保，于是甲某将已质押给乙某的玉雕船作担保与丙某签订了质押借款合同，由丙某借给甲某3万元，借款期限自2003年2月1日至2003年4月1日，质押担保方式为甲某的价值约3万元的玉雕船。
合同签订之日，甲某即将玉雕船移交给丙某占有，同时丙某将借款支付给了甲某。2003年4月1日，乙某的借款到期后，要求甲某偿还，甲某无能力还款。乙某即要求对甲某的玉雕船行使质权，甲某以该玉雕船又质押给丙某为由而折抵不成，形成纠纷。
本案将如何处理？