财政部门对某公司进行会计检查时，发现以下问题：
(1) 公司的规章制度规定，会计机构和会计人员对公司一切经济活动负有全程监督义务，并对监督结果负最终法律责任。
(2) 为了精简人员，提高办事效率，会计人员王某同时负责公司办公用品的购买、审批人账和保管工作。
(3) 公司制度规定总经理负责公司的日常经营管理，对重大投资行为也可灵活决策。2004年5月8日公司总经理决定用公司净资产的40%对外投资联营，而公司董事会和股东会则认为总经理的行为超越了职权范围。总经理对此不服，认为是根据公司制度规定履行自己的职责。
(4) 公司成立3年来，主要对现金进行定期盘点，其他财产尚未进行过盘点清查。
(5) 公司发生赊购材料业务，会计人员不知道是负责材料核算的会计先人账，还是负责应付账款核算的会计人员先人账，且会计凭证编号经常发生重复。
(6) 公司现金盘点时，溢余现金90元，会计负责人不知道如何处理。
要求：分析以上问题产生的原因及处理方法。