[背景材料]
某依法必须进行招标的建设工程项目，其工程施工进行公开招标，招标人通过专业期刊、报纸、信息网络等途径发布招标文件，招标文件中附有设计文件，招标人向投标人收取了符合规定的押金。信息网络发布的投标截止日期是2009年6月13日，而在期刊、报纸上刊登的投标截止日期为2009年6月23日。在2009年6月14日，A企业到招标人指定的地点送交投标文件，招标人以已经超过投标截止日期为由拒收。在投标截止日期前，招标人接收了B、C、D、E、F、G、H 7位投标人的投标文件。招标人根据其项目特点决定组织潜在投标人进行现场踏勘，各潜在投标人对招标人提出了各自的疑问，招标人分别进行了澄清和解答。在投标截止日期前10天，招标人将各潜在投标人提出的疑问分别制成书面文件递送给相应投标人。现场踏勘结束后2日，有2位潜在投标人提出上次现场踏勘确因自己有特殊原因没能参加，要求招标人能够补充一次机会。经协商，招标人最后表示同意，并在规定的时间内为这2位潜在投标人再次组织了现场探勘。开标后C企业向招标人退还设计文件，同时要求招标人退还押金，招标人以退还押金不符合法律规定为由拒绝退还。在开标资格后审中招标人发现，承包商E是假借资质投标的。中标结果宣布后B企业中标，投标人C企业投诉评标委员会有位专家与B公司存在利害关系。
[问题]
招标人在招标过程中有哪些不妥之处，请指出并说明理由。