郑同是某市机械研究所的工程师，从1996年开始，承接所里的省级科研课题――汽车节能应用系统的研究工作。经过5年的理论探索和反复试验，郑同于2001年11月研制成功了ZH－2000型高效汽车节能装置。安装有该装置的汽车平均每百公里油耗可降低25－35%，该装置具有极大的实用价值和经济前景。机械研究所负责人决定就该装置申请发明专利，于2002年3月7日寄出了有关专利申请文件。国家专利局于3月13日收到申请文件，信封上的邮戳为3月8日。专利局经初步审查发现，申请文件中的说明书缺少部分附图，于2002年4月3日通知研究所在1个月内补交。4月28日，研究所派专人补交了附图。专利局在初步审查通过后，根据研究所的要求，于2003年1月15日公布了该申请。2004年10月30日，经实质审查通过，该装置被授予发明专利权，并予以登记和公告。2004年12月，研究所与明光电子设备公司签订了专利实施许可合同，以每年 500万元的使用费许可明光公司生产该装置。请问：
如果研究所未提出申请，国家专利局能否对该申请进行实质审查