某国有企业甲获准于1995年12月31日在所使用的国有划拨土地上建成一综合大楼,总建筑面积为13200m2,建筑容积率为2.4。该大楼1~2层为商场,商场建筑面积为4300m2,两层建筑面积相同;3~4层为办公楼,建筑面积为3800m2,两层建筑面积相同;4层以上为住宅,已按政策分配给企业职工,进行了房改。请根据以下情况回答问题:
企业甲为完善土地产权,于2002年12月31日拟对该划拨土地使用权办理国有土地使用证,试问应按何程序办理在办理土地登记手续时,企业甲拟申请按综合用途对全部土地进行登记,试问是否合理,并简述理由。