甲电脑公司与乙电子研究所在1999年12月签订了一份合同。双方商定，联合开发研制一种新型的集成电路块，合同中的仲裁条款规定：因履行本合同发生的争议，由双方协商解决；协商不了的，请有关仲裁委员会仲裁。2000年1月，双方发生争议，乙电子研究所向本单位所在地的A市仲裁委员会递交了仲裁申请书，甲电脑公司拒绝答辩。双方经过协商，重新签订了一份仲裁协议，商定将此合同争议提交甲电脑公司所在地的B市仲裁委员会进行仲裁。事后，乙电子研究所担心B市仲裁委员会实行地方保护主义，故未申请仲裁，而向合同签订地C市人民法院起诉，起诉时未说明此前两次约定仲裁的情况，法院受理了本案，并依法向甲电脑公司送达了起诉状副本，甲电脑公司向法院提交了答辩状。法院经审理，判决被告甲电脑公司败诉，被告不服，立即上诉。请回答以下题。
合同中的仲裁条款有效还是无效( )
A．无效，不属于仲裁案件
B．有效
C．效力未定
D．仲裁协议因未明确指明仲裁机构、内容不明确而无效