某安装工程公司承接某地一处大型吊装运输总承包项目，100吨以上大型设备为35台，总吊装重量为13829吨。施工地点在南方沿海，工期为1年，合同规定运输线路由建设单位负责勘察确定；吊装运输设备由施工单位提供。工程施工特点为：工期紧、工程量大、高空作业多、露天作业多、运输和吊装吨位重。本工程的施工重点为：大型设备的码头卸船、陆路运输及现场的吊装作业。
在施工准备阶段，项目部按照国家、当地的法律法规，合同要求，根据工程的施工特点，以及该工程项目受外部环境因素的影响较多，制定了职业健康和安全管理计划书和安全应急预案，吊装技术人员熟悉现场环境，仔细审阅图纸，根据设备重量、高度、外形尺寸来选定吊车工况，吊装工艺，编制大型设备吊装方案，并不断进行优化，确定安全可靠、稳妥可行、技术先进、经济合理的方案。开工后，对已出库需安装在工程上的设备，实施交付前的全程保护和管理，项目部实施两次安全应急的培训和演练。
然而在卸运过程中仍出现了问题：
1.在一次卸船吊装过程中，出现了安全事故，造成两人重伤，因未按规定上报，被地方政府监管部门处以停工整顿。
2.在陆路运输中，有几台大件设备因几处高压线障碍不能通过，安装公司另做钢排运输，共增加各种费用10万元，向建设单位索赔遭拒，双方发生争执。
本案例的运输纠纷应怎样处置？