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十二届全国人大一次会议通过的《国务院机构改革和职能转变方案》强调：政府职能转变是深化行政体制改革的核心；转变国务院机构职能，必须处理好政府与市场、政府与社会、中央与地方的关系。国务院机构改革重点围绕转变职能和理顺职责关系，稳步推进大部门制改革。根据改革方案，撤销铁道部，将铁路发展规划和政策的行政职责划入交通运输部，整合加强卫生和计划生育、食品药品、新闻出版和广播电影电视、海洋、能源管理机构。改革后，除国务院办公厅，国务院设置组成部门25个。根据《国务院机构改革和职能转变方案》，中国铁路总公司于2013年3月挂牌成立，承担铁道部的企业职责，负责铁路运输统一调度指挥，经营铁路客货运输业务，承担专运、特运任务，负责铁路建设，承担铁路安全生产主体责任等。中国铁路总公司承担铁道部的相关资产、负债和人员，注册资金为10360亿元，是中央管理的国有独资企业。
国务院机构改革在行政体制改革的整体布局中具有重要地位，运用整体与部分关系的原理加以说明。