试题三阅读以下说明，根据要求回答问题。[说明]某市信息资源管理中心经过公开招标，将该市的政务信息资源整合系统项目交给某软件公司开发，并准备将该系统推广应用到全市的二十个委办局。由于每个委办局的组织构成、业务功能、界面要求、资源类别等均有所不同，该软件公司经过讨论决定先针对一家信息资源建设比较完备的委办局的需求进行开发和试用，然后再在这个版本的基础上进行修改，为其他委办局定制系统。该项目的负责人是软件公司的刘经理，项目采用瀑布模型开发，项目组成员按照需求分析、设计、编码和测试进行分工，历经三个月，进入试运行阶段。为了赶工期，刘经理就对项目开发人员再分工，将试运行的系统版本作为原始版本，在此基础上修改，开始并行为其他委办局定制开发各自的政务信息资源整合系统。试运行的版本在运行中根据用户的要求，产生了一些功能的变动，开发人员直接改动代码，这些改动后的代码有的适合其他委办局，有的不适合；而在为其他委办局的系统定制开发中，也是根据用户的要求进行各自代码的修改。项目进展得很快，可就在这期间，主要开发人员小王和小李因故提出辞职，刘经理向公司申请补充了两名新的开发人员接替小王和小李的工作，然而由于之前的变更没有相关文档的记录，开发的版本与设计和需求的版本对应不上，两名新的开发人员用了很长的时间才理解原编码，结果导致工期的延误，而且在交付时出现文档与代码对应不上的情况，客户意见很大。
请指出在该项目的开发过程中，配置管理方面存在的主要问题。