某药业公司与某研究所协议成立某生物工程有限责任公司(以下简称为“生物工程公司”)。协议内容为：(1)药业公司以货币300万元出资，及500万元实物出资，共计800万元。研究所以某系列口服液的技术出资，该技术作价200万元(有评估机构出具的评估证明)。注册资本分两期缴付，首期缴纳400万元，自公司成立之日起两年内缴付其余的出资。(2)公司注册资本拟定为1000万元，双方出资比例为4：1。(3)公司董事会由5名董事组成，分别由双方按出资比例选派。董事长由药业公司推荐，公司的经理、财务总管等高级职员由董事长任命。(4)双方按4：1的出资比例分享利润、支付设立费用，分担风险。之后，双方按4：l的比例组成5人筹备组，共同制定了公司章程，章程部分内容如下：(1)董事长以股东双方达成的协议产生，经理、财务总管等高级职员由董事长提名，董事会聘任等内容。(2)对外提供担保的金额在300万元以下的，由公司董事会作出决议；担保金额超过300万元的，由公司股东会作出决议；但公司为本公司的股东提供担保，必须经股东会决议。(3)双方按照协议约定的出资比例进行利润分配。生物工程公司于2006年4月登记成立，由于筹备组成员田某在公司设立过程中工作成绩突出，于是双方推举的董事选举田某作公司董事长。田某聘任了正副经理、财务负责人及一些管理人员。药业公司方面的某一董事A称，有证据证明田某原是研究所下属公司的承包人，承包期间因贪污行为曾受到刑事处罚，2000年3月刑满释放，一年前向朋友借钱5万元炒股，被深度套牢，借款仍未还清。据上述两个理由，认为田某无权作董事长。药业公司方面另一些董事怀疑公司账目有假，有3人退出董事会，于是生物工程公司的股东药业公司方面提议召开临时股东会重新选举公司董事。于是，生物工程公司董事会，依照公司章程的规定，于2006年5月20日发出通知，定于6月1日召开公司的临时股东会。鉴于公司原董事长田某的问题，公司认为其不适合再担任公司的董事长，故公司的副董事长(系药业公司的人员)主持了本次临时股东会。生物工程公司的监事会根据职工举报，调查核实该公司的经理曾经擅自利用公司财产为其朋友开办的公司，向银行申请贷款提供担保，担保金额为100万元。为了感谢该经理，其朋友任命该经理在自己的公司担任董事，在该公司领取报酬。该公司从事建筑装饰业务。又查明，某研究所研制的某系列口服液技术是委托某大学教授张某完成的。2005年3月，某研究所与张某就技术订立协议约定。张某负责完成研究所交给的科研任务，研究所为其科研工作提供必要的物质条件(包括实验室、资金等投人)和人员支持。张某确保在半年内完成该科研项目；项目经验收后，研究所一次性支付张某20万元报酬。但双方对于该科研项目申请专利的权利未作约定。2005年9月，张某如期完成该口服液技术，并交付研究所验收通过。张某随即获得报酬人民币20万元。后张某于2006年1月，就该口服液技术正式向国务院专利行政主管部门提出专利申请。生物工程公司成立后，于2006年5月也就该口服液技术向专利行政主管部门提出专利申请，但被驳回申请。于是生物工程公司即向专利复审委员会申请复议，理由是第一，张某不具有申请专利的资格，因为张某是接受某研究所的任务完成的发明创造，应当属于职务发明，申请专利的权利属于某研究所，现某研究所作为生物工程公司的股东之一，以该口服液技术出资，所以申请专利的权利转移至生物工程公司；第二，该口服液技术生物工程公司已经于成立之日起正式投产，有其使用在先的证明。要求：根据上述事实，请分别回答如下问题：(1)药业公司与研究所的协议中，有关出资方式、比例、期限是否合法分别说明理由。(2)生物工程公司的股东协议和公司章程关于董事长及公司高级管理人员的产生办法规定不同，你认为哪个正确为什么生物工程公司章程的其他内容是否合法请分别说明理由。(3)药业公司董事A，认为田某不具有作董事长的资格的说法，是否正确请说明理由。(4)生物工程公司临时股东会的召开是否合法请说明理由。退出董事会的成员，在新的董事产生之前，是否应继续履行董事职务如果股东认为本次会议召开程序或决议内容违法，可以采取什么措施(5)生物工程公司经理的担保行为以及兼职行为是否合法说明理由。如果违反《公司法》的规定，对其行为应如何处理(6)生物工程公司申请复议的理由是否正确为什么(7)如果张某获得了该口服液技术的专利权，生物工程公司能否继续使用该技术某研究所还应当承担什么责任