某乡政府选址新建政府大楼，占地5000m2，拟建一栋5层建筑，总建筑面积7500m2

问题：

某乡政府选址新建政府大楼，占地5000m²，拟建一栋5层建筑，总建筑面积7500m²，并向市规划行政主管部门提出申请。经市规划行政主管部门研究同意该项申请，并核发选址意见书、建设用地规划许可证、建筑工程规划许可证。
该工程建成后，市规划行政主管部门执法人员到现场监督检查时，发现该项工程已建成，并在顶层增建了一间多功能厅，面积400m²；与此同时，还发现该工程擅自增建了一层地下室，面积为950m²。为此执法人 员通知该工程的主管负责人和单位法人，依法立案查处。该工程被处罚的具体原因是什么
2．市规划行政主管部门应该如何处理