案情：某区政府为了加强对蔬菜市场的管理而成立了蔬菜生产销售办公室，并发文要求所有生产经营蔬菜的单位、个人都应当向该蔬菜办申请蔬菜生产销售许可证。某个体户张某因此向该蔬菜申请蔬菜生产销售许可证，并根据蔬菜办的要求交纳了100元申请费。蔬菜办受理张某的申请后，向张某出具了由蔬菜办主任签名的书面凭证。在审查过程中，蔬菜办认为需要对张某的申请材料进行实质性审查，便指派工作人员沈某进行核实。一个月后，蔬菜办未听取张某的陈述和申辩，就以张某的生意不好为由直接拒绝发放蔬菜生产销售许可证，并告知张某不得申请行政复议，也不得提起行政诉讼。张某随即向蔬菜办主任送了500元，蔬菜办便向张某发放了蔬菜生产销售许可证；后蔬菜办主任因贿赂被撤职，蔬菜办便注销了张某的蔬菜生产销售许可证。 问题：请根据《行政许可法》的有关规定，指出本案中有哪些违法之处，并简要说明理由。