某国有大型制造企业H计划建立适合其业务特点的ERP系统。为了保证ERP系统的成功实施，H公司选择了一家较知名的监理单位，帮助选择供应商并协助策划ERP的方案。
在监理单位的协助下，H公司编制了招标文件，并于5月6日发出招标公告，规定投标截止时间为5月21日17时。在截止时间前，H公司共收到5家公司的投标书，其中甲公司为一家外资企业。H公司觉得该项目涉及公司的业务秘密，不适合由外资企业来承担。因此，在随后制定评标标准的时候，特意增加了关于企业性质的评分条件：国有企业可加2分，民营企业可加1分，外资企业不加分。
H公司又组建了评标委员会，其中包括H公司的领导一名，H公司上级主管单位领导一名，其他4人为邀请的行业专家。在评标会议上，评标委员会认为丙公司的投标书能够满足招标文件中规定的各项要求，但报价低于成本价，因此选择了同样投标书满足要求，但报价次低的乙公司作为中标单位。
在发布中标公告后，H公司与乙公司开始准备签订合同。但此时乙公司提出，虽然招标文件中规定了合同格式并对付款条件进行了详细的要求，但这种付款方式只适用于硬件占主体的系统集成项目，对于ERP系统这种软件占主体的项目来说并不适用，因此要求H公司修改付款方式。H公司坚决不同意乙公司的要求，乙公司多次沟通未达到目的，只好做出妥协，直到第45天，H公司才与乙公司最终签订了ERP项目合同。
请指出在该项目的招投标过程中存在哪些问题，并说明原因。