某市光明化肥厂在生产过程中每天排放大量含有有害物质的废水，污染了附近新余县的几十亩农田，致使农作物大量死亡，给当地农民造成了重大经济损失。位于该市林祥区的市环保局调查了化肥厂造成新余县农田污染的情况后，根据《环境保护法》等相关法律法规的规定对光明化肥厂作出了罚款2万元的处罚决定，并责令其更换环保设备，并赔偿新余县农民经济损失10万元。光明化肥厂认为市环保局对污染情况的调查不符合事实，夸大了损害，因此对处罚决定不服。
光明化肥厂向法院提起行政诉讼，被告市环保局认为其起诉超过起诉期限，对此应由哪一方承担举证责任