某工业生产企业委托注册税务师代理对其当年的纳税情况进行审核，注册税务师初步了解到，该企业生产经营没有季节性波动。企业产品及所用材料增值税适用税率均为17%。深入审核时，进行了以下具体业务的处理： (1) 企业当期销售收入5000万元，相应的成本为 4500万元，但企业近三年的账务资料显示，销售收入成本率为70%～85%，则注册税务师可以确认企业成本列支不实，应当调增企业所得税应纳税所得额。 (2) 企业期初库存材料100万元，当期投入生产耗用材料4000万元，期末库存材料500万元，企业当期申报的增值税进项税额为550万元，注册税务师可确认企业会计进项税额核算不正确，导致当期多缴纳了增值税。 (3) 企业1—11月的销售收入为3300万元。注册税务师认为销售与市场需求有关，确认为正常。 (4) 审核过程中，注册税务师甲对部分业务与企业法人代表、相关部门经理、财务、保管、及普通职工进行了沟通，注册税务师乙认为甲的行为对纳税审核的保密性有损害。 请根据所给资料，判断分析，第1、2项业务中注册税务师使用的是什么审核方法，并具体分析审核中存在的问题；第3项业务中注册税务师的判断存在什么问题，简述理由；第4项业务中注册税务师乙的理解是否正确，简述理由。