(四) 某公路建设场地原为农田。按设计要求在公路施工时，公路施工范围内的耕植土应清除，基础必须埋在老土层下2.00m处。为此，业主在“三通一平”阶段就委任土方施工公司清除了耕植土并用好土回填压实至一定设计标高，故在施工招标文件中指出，施工单位无须再考虑清除耕植土问题。然而，开工后，施工单位在开挖基坑(槽)时发现，相当一部分基础开挖深度虽已达到设计标高，但仍未见老土，且在基础和场地范围内仍有一部分深层的耕植土和池塘淤泥等必须清除。
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问题
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对合同中未规定的承包商义务，合同实施过程又必须进行的工作，你认为应如何处理？