某城市建设项目建设单位委托监理单位承担施工阶段的监理任务，并通过公开招标选定甲施工单位作为施工总承包单位，工程实施中发生了下列事件：
事件1：桩基工程开始后，专业监理工程师发现甲施工单位未经建设单位同意将桩基工程分包给乙施工单位，为此，项目监理机构要暂停桩基施工。征得建设单位同意分包后，甲施工单位将乙施工单位的相关材料报项目监理机构审查，经审查，乙施工单位的资质条件符合要求可进行桩基施工。
事件2：桩基施工过程中出现断桩事故，经调查分析，此次断桩事故是因为乙施工单位抢进度，擅自改变施工方案引起。对此，原设计单位提供的事故处理方案：断桩清除，原位重新施工。乙施工单位按处理方案实施。
事件3：为进一步加强施工过程质量控制，总监理工程师代表指派专业监理工程师对原监理实施细则中的质量控制措施进行修改，修改后的监理实施细则经总监理工程师代表审查批准后实施。
事件4：工程进入竣工验收阶段，建设单位发文要求监理单位和甲施工单位各自邀请城建档案管理部门进行工程档案验收并直接办理移交事宜，同时要求监理单位对施工单位的工程档案质量进行检查。甲施工单位收到建设单位发文后将文件转发给乙施工单位。
事件5：项目监理机构在检查甲施工单位的工程档案时，发现缺少乙施工单位的工程档案，甲施工单位的解释是，按建设单位要求，乙施工单位自行办理了工程档案的验收及移交。在检查乙施工单位的工程档案时发现缺少断桩处理的相关资料，乙施工单位的解释是：断桩清除后原位重新施工，不需列入这部分资料。
分别说明事件5中甲施工单位和乙施工单位的解释有何不妥对甲施工单位和乙施工单位在工程档案管理中存在的问题，项目监理机构应如何处理