某市城市规划区的东南部，按照批准的总体规划方案，有一块约60hm2的城市规划绿地。某科研单位与当地村委会签订协议，在规划绿地内(现为耕地)占用3hm2土地建设住宅，补偿费用1000万元。一年后建成多层住宅五栋，建筑面积25000m2。该科研单位在分房过程中，有职工向城市规划行政主管部门举报该科研单位领导搞违法建设，要求查处。经查处后，城市规划执法人员认为，该科研单位和村委会对农村集体土地进行变相买卖，违法侵占耕地，同时也未报城市规划行政主管部门审批，没有办理建设用地规划许可证和建设工程规划许可证，即行占地、建设，属违法建设，且侵占规划绿地，严重影响城市规划，违法事实清楚，不用再找当事人调查。于是，根据《中华人民共和国城市规划法》第四十条规定诉讼，对违法建设做出予以没收的行政处罚决定，并经部门领导批准发出了行政处罚决定书。送达后，科研单位不服行政处罚，向人民法院提出诉讼，经法院审理，判决城市规划行政主管部门败诉。
城市规划行政主管部门败诉的原因是什么城市规划行政主管部门应当如何正确处理此案
