政府投资建设的某大型公用事业项目，已履行了审批手续且资金来源已落实，经批准，采用公开

问题：

政府投资建设的某大型公用事业项目，已履行了审批手续且资金来源已落实，经批准，采用公开招标方式进行施工招标。
2009年4月1日，招标人在指定媒体上发布招标公告。公告中要求，投标单位必须为具有相应专业施工总承包一级或一级以上资质的国有企业，4月6日至10日发售招标文件。
投标须知规定，5月12日11时投标截止，当日15时开标，投标保证金100万元。
截止到4月10日，共有A、B、C、D、E五家单位购买了招标文件。4月19日，招标人对所有质疑统一进行了书面答复。在投标截止时间前，五家投标单位均递交了投标文件。
评标前，招标人确定的评标委员会组成方案是：评标委员会由6人组成，其中政府部门代表2人，招标代理机构代表1人，其余3人从招标代理机构专家库内抽取。
开标后，各投标单位报价均低于招标最高限价。评标过程中，出现了以下情况：
(1)投标单位A报价金额大小写不一致；
(2)投标单位B的报价明显低于其他投标单位的报价；
(3)投标单位C的投标函未加盖拟派项目负责人的印章；
(4)投标单位D的投标文件中缺少投标保函；
(5)投标单位E提交的银行投标保函有效期超出投标有效期20 d。
招标人于5月13日确定中标单位，并于5月17日分别向中标单位和其他投标单位发出中标通知书和中标结果通知。此后，为了削减投资额，招标人与中标单位进行了商谈，约定在中标价的基础上降低50万元作为合同价，并于6月20日签订了施工合同。
问题：

指出招标人与中标人在签订施工合同方面存在的不当之处，说明正确做法。