某医院决定投资1亿余元，兴建一幢现代化的住院综合楼。其中土建工程采用公开招标的方式选定施工单位，但招标文件对省内的投标人与省外的投标人提出了不同的要求，也明确了投标保证金的数额。该院委托某建筑事务所为该项工程编制标底。2006年10月6日招标公告发出后，共有A、B、C、D、E、F六家省内的建筑单位参加了投标。投标文件规定2006年10月30日为提交投标文件的截止时间，2006年11月13日举行开标会。其中，E单位在2006年10月30日提交了投标文件，但2006年11月1日才提交投标保证金。开标会由该省建委主持。结果，某所编制的标底高达6200多万元，而A、B、C、D4个投标人的投标报价均在5200万元以下，与标底相差1000万余元，引起了投标人的异议。这4家投标单位向该省建委投诉，称某建筑事务所擅自更改招标文件中的有关规定，多计漏算多项材料价格。为此，该院请求省建委对原标底进行复核。2007年1月28日，被指定进行标底复核的省建设工程造价总站(以下简称总站)拿出了复核报告，证明某建筑事务所在编制标底的过程中确实存在这4家投标单位所提出的问题，复核标底额与原标底额相差近1000万元。
由于上述问题久拖不决，导致中标书在开标三个月后一直未能发出。为了能早日开工，该院在获得了省建委的同意后，更改了中标金额和工程结算方式，确定某省某公司为中标单位。
问题：
上述招标程序中，有哪些不妥之处请说明理由。