某施工单位承接了某施工任务，按照如下的组结构模式对项目进行管理。其中X为公司职能部门
题型：单项选择题
问题：
某施工单位承接了某施工任务，按照如下的组结构模式对项目进行管理。其中X为公司职能部门，Y为项目部的职能部门。在进行基础施工时，进度控制部门通过计划值与实际值比较，发现进度推迟了，施工协调部门对进度进行了分析，提出了增加夜班、增加设备、增加人工三种方案，并进行了比较，后经项目经理决定采用增加夜班的方式，项目最终得以顺利完成。
在实际运行中发现，如果由于公司职能部门与项目部门之间的指令发生矛盾，影响了这个组织的系统的运行效率。公司对此宜选择的做法是（）。
A．让两类部门自己解决矛盾
B．由最高层管理者亲自指挥
C．明确以纵向或横向的指令为主的管理模式
D．由员工判断接受谁的指令