飞龙股份有限公司是2001年1月由几家国有企业依法改建而设立的股份公司，其注册资本为9000万元，发行股票90万股，经国务院证券管理部门批准，其发行的股票于 2001年7月被允许上市交易。上市后，该公司2001年至2004年连续3年微利，可供分配的股息、红利总共只有100万元，难以支付股东股利；2004年起公司经营更不景气，前6个月一直处于亏损状态，资金周转发生很大困难。为了解决公司资金短缺，维护公司股票的信誉，公司董事会2004年7月做出增资以发行新股的方案，并经过所有董事一致通过。决定发行100万股新股，每股面值10元，股票以超过面值1元的价格发行。由公司临时成立的承销处负责新股的承销。董事会作出该决议后，经研究认为，此时上报国务院证券监督管理部门肯定难获得批准。于是，在2004年10月，未报审批便擅自在报纸上刊登发行新股的公告。此事很快被国务院证券管理部门发现，除确认其发行新股的决议无效外，对其作出了以下处罚决定：(1)责令停止发行，退还所募集的所有资金及其利息；(2)处以非法所募集的资金金额5%的罚款；(3)暂时停止飞龙股份有限公司股票的上市交易。 请回答下列问题：
请分析飞龙公司发行新股的程序有哪些不合法之处。