某海滨城市为发展旅游业，经批准兴建一座三星级大酒店。该项目甲方于1998年10月10日分别与某建筑工程公司(乙方)和某外资装饰工程公司(丙方)签订了主体建筑工程施工合同和装饰工程施工合同。
合同约定主体建筑工程施工于当年11月10日正式开工。合同日历工期为2年5个月。因主体工程与装饰工程分别为两个独立的合同，由两个承包商承建，为保证工期，当事人约定：主体与装饰施工采取立体交叉作业，即主体完成三层，装饰工程承包商立即进行装饰作业。为保证装饰工程达到三星级水平，业主委托某监理公司实施“装饰工程监理”。
在工程施工1年6个月时，甲方要求乙方将竣工日期提前2个月，双方协商修订施工方案后达成协议。
该工程按变更后的合同工期竣工，经验收后投入使用。
在该工程投入使用2年6个月后，乙方因甲方少付工程款起诉至法院。乙方称：甲方于该工程验收合格后签发了竣工验收报告，并已开张营业。在结算工程款时，甲方本应付工程总价款1600万元人民币，但只付1400万元人民币。特请求法庭判决被告支付剩余的200万元及拖期的利息。
在庭审中，被告答称：原告主体建筑工程施工质量有问题，如：大堂、电梯间门洞、大厅墙面、游泳池等主体施工质量不合格。因此，装修商进行返工，并提出索赔，经监理工程师签字报业主代表认可，共支付15.2万美元，折合人民币125万元。此项费用应由原告承担。另还有其他质量问题，并造成客房、机房设备、设施损失共人民币75万元。共计损失200万元人民币，应从总工程款中扣除，故支付乙方主体工程款总额为1400万元人民币。
原告辩称：被告称工程主体不合格不属实，并向法庭呈交了业主及有关方面签字的合格竣工验收报告及业主致乙方的感谢信等证据。
被告又辩称：竣工验收报告及感谢信，是在原告法定代表人宴请我方时，提出为了企业晋级的情况下，我方代表才签的字。此外，被告代理人又向法庭呈交业主被装饰工程公司提出的索赔15.2万美元 (经监理工程师和业主代表签字)的清单56件。
原告再辩称：被告代表发言纯系戏言，怎能以签署竣工验收报告为儿戏，请求法庭以文字为证。又指出：如果真的存在被告所说的情况，那么被告应当根据《建设工程质量管理条例》的规定，在装饰施工前通知我方修理。
原告最后请求法庭关注：从签发竣工验收报告到起诉前，乙方向甲方多次以书面方式提出结算要求。在长达两年多的时间里，甲方从未向乙方提出过工程存在质量问题。
问题：
1．原、被告之间的合同是否有效
2．如果在装饰施工时，发现主体工程施工质量有问题，甲方应采取哪些正当措施
3．对于乙方因工程款纠纷的起诉和甲方因工程质量问题的起诉，法院是否应予以保护
