A市B区的某税务机关，2007年对辖区内纳税人进行税务检查时发现以下事项：
(1) 发现2007年3月正式成立的A公司 (已办税务登记)，2007年10月检查时，该公司仍未将其财务、会计制度报送税务机关备案。由于拖延的时问较长，于是，主管的税务机关决定对A公司进行罚款处理，决定对该公司罚款20000元。
(2) 发现B公司开具的普通发票填写项目不齐全，于是停止对B公司供应发票。
(3) 发现C公司欠缴税款40万元，税务机关在多次催缴无效的情况下，查封了其一处有产权的不动产，准备以其拍卖所得抵缴税款。C公司闻讯后，以该房产已经抵押给D公司作为合同担保，并且依法办理了抵押物登记手续为由，对税务机关的查封行为提出异议。
(4) 发现E公司欠缴税款30万元，税务机关在多次催缴无效的情况下，对E公司账簿资料进行了检查，发现该公司账户上确实无钱可付，但甲企业应付E公司一笔30万元贷款早已到期，经了解， E公司从未向甲企业追讨过欠款。要求：根据以上情况，回答下列问题：
(1) A公司是否违反了税务管理的规定为什么
(2) 分析税务机关对A公司的罚款决定是否正确为什么
(3) 分析税务机关对B公司停止供应发票的处理是否正确为什么
(4) 分析税务机关如何处理对C公司的税款征收与抵押房产之间的关系。
(5) 分析税务机关可以采取何种措施追缴 E公司欠缴的税款，维护国家税收权益。