2008年10月，甲乙公司签订了一份建材买卖合同，约定甲公司向乙公司购买优质建材，共计200吨，每吨10000元，共计价款200万元。因甲公司资金周转暂时困难，甲乙在合同中又约定了，甲公司以其一套价值150万元的机器抵押给乙公司以担保其货款的支付。双方办理抵押登记后，乙公司在半个月内发货。乙公司交付的建材的质量应当与其在订立合同之前交给甲公司的样品质量相同，采取送货上门的方式交付，甲公司在收到货物后3个月内支付全部的价款。同11月，甲乙公司办理了抵押权登记。12月5日，甲公司收到乙公司按照约定的期限交付的200吨建材，经甲公司检验发现，乙公司交付的建材中有10吨的质量低于样品的质量。而12月2日，甲公司向丙银行借款60万元，借期为3个月，丙银行要求甲公司提供担保，甲公司于是将其抵押给乙公司的这套机器又质押给了丙银行，并将这套机器交付给了丙银行。2009年4月1日，甲公司仍然未向乙公司支付货款，乙公司打算行使对抵押机器的抵押权，甲公司则要求乙公司承担因交付货物质量不完全符合合同约定所应承担的违约责任。同时，丙银行也向甲公司主张偿还贷款，甲公司无力偿还，丙也欲行使其对甲公司的这套机器的质押权，甲乙丙三方争执不下，发生纠纷。
根据以上案情回答下列问题：
若乙公司和某运输公司之间签订货物运输合同，约定该运输公司将该批货物运到甲公司，而这批货物在运输途中因遇到百年不遇的洪水而受到了损失，则该损失应当由谁承担？