A公司总承包某地一扩建项目的机电安装工程，材料和设备由建设单位提供。A公司除自己承担主工艺线设备安装外，非标准件制作安装工程、防腐工程等均分包给具有相应施工资质的分包商施工。考虑到该地区风多雨少的气候，建设单位将紧靠河边及施工现场的一所弃用学校提供给A公司项目部，项目部安排两层教学楼的一层作材料工具库，二楼作现场办公室，楼旁临河边修建简易厕所和浴室，污水直接排人河中，并对其他空地作了施工平面布置。
开工前，项目部遵循“开源与节流相结合的原则及项目成本全员控制的原则”签订了分包合同，制定了成本控制目标和措施。施工中由于计划多变、设计变更多，管理不到位，因而造成工程成本严重超过预期。
在露天非标准件制作时，分包商采用CO2气体保护焊施焊，质检员予以制止。动态炉窑焊接完成后，项目部即着手炉窑的砌筑，监理工程师予以制止；砌筑后，在没有烘炉技术资料的情况下，项目部根据在某厂的烘炉经验开始烘炉，又一次遭到监理工程师的制止。
在投料保修期间，设备运行不正常甚至有部件损坏，主要原因有：①设备制造质量问题，②建设单位工艺操作失误，③安装精度问题。建设单位与A公司因质量问题的责任范围发生争执。
项目部在施工阶段应如何控制成本？